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探究PCR引物的必要性


PCR引物的必要性:

1、 pcr技术的基本原理类似于dna的自然复制过程,其特异性依赖于靶序列两端互补的寡核苷酸引物。

2、pcr是一种体外dna扩增技术,它依赖于dna聚合酶在模板dna、引物和四种脱氧核苷酸存在下的酶促反应。待扩增的DNA片段及其两侧互补的寡核苷酸链引物通过“高温变性-低温退火-引物延伸”三步反复循环,使DNA片段的数量成倍增加,因此在短时间内,我们需要大量的特异性基因片段。

3、dna聚合酶无法从头合成与模板链匹配的新链,只能在模板链上以一段短小(一般几bp至十几bp不等)但与模板链配对紧密的链作为起始链,沿5->3方向合成新链,这个过程我们称之为“延伸”。

4、起始链的合成在真核细胞体内是由rna聚合酶(对就是转录时用的那个)代劳的,此酶具有从头合成链的能力(即“起始”能力)之后dna合酶以这段短的rna链为起始,不断延伸合成新链。这段短rna链起到了“引发”新链合成的功能,因此也被称作“引物”。在原核生物中,dna分子以环状形式存在,随便切个口就可以以切口3端作为起始开始延伸了 (当然人家细菌还是有操守的,为了切得方便还是门设置了一个复制起始位点)。

5、在dna新链延伸完毕后,真核细胞需要将作为起始链的rna链替换为dna,这个过程依据位置不同在细胞里大致有两种处理方式:如果引物在dna链一端,别说了直接上端粒合酶吧;若引物位于dna链中间,则是由同样具有dna延伸活性(但速度比述的dna合酶慢许多)并兼具5->3方向水解能力(这样才能把引物rna链切掉)的另一种dna合酶代劳,后用dna连接酶将替换链和新链之间的小缺口填补上。原核生物等低等生物中由于有滚环复制θ复制等特殊机制存在,复制流程的细节上会有差异,并且会多一步切割并环化dna分子的步骤,不过总体机制大同小异。

可见,在生物体内的dna复制过程是复杂的,需要多种酶先后参与进来,并且对于dna的延伸来说,引物是必不可少的。

6、在体外的pcr体系中,由于:

①出于成本考量,暂时没有发现并优化在pcr工作温度(55°C--95°C+)下仍具有很好活性的rna合酶、dna合酶(替换引物用)、dna链接酶。

②出于现有工艺考量,从头合成设计好的dna短引物是相对简单快捷的技术,并且可以省略引物的替换步骤。

因此使用短dna作为引物是必要且高效的选择。

 

 

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